В 1999-2004 гг. НИИГПК возглавлял доктор медицинских наук, профессор Владимир Николаевич Гапанович. Основными направлениями научно-исследовательской деятельности Института в этот период являлись: разработка кровезаменителей, иммуномодулирующих препаратов, антиферментных, противоанемических средств; создание биоспецифических сорбентов, диагностикумов для исследования свертывающей системы крови, цитостатических препаратов и гемостатических средств. На результаты исследований получено 8 авторских свидетельств и 8 патентов Республики Беларусь и Российской Федерации.